孔昭慈（1795年—1862年），字文止，號云鶴，山東曲阜人，孔子七十一代孫，屬大宗戶，同進士出身。

道光十三年（1833年）登癸巳科進士。

選庶吉士，散館改知縣，授廣東饒平縣知縣。

因丁憂歸家，守喪期滿，發(fā)為福建莆田縣令、后調(diào)沙縣縣令攝興化府通判，又改授古田縣。

道光二十八年（1848年）調(diào)閩縣，進為邵武府同知，移臺灣鹿港。

時反清武裝林恭等陷鳳山，知縣王廷干、高鴻飛相繼死，臺灣府城岌岌可危。

昭慈聞警訊，航海前往援助，協(xié)力守御。

咸豐四年（1854年）擢臺灣府知府，盡力搜捕馀黨。

咸豐八年（1858年）進按察使銜分巡臺灣兵備道，兼督學(xué)政。

同治元年（1862年）戴萬生舉事，昭慈督兵馳抵彰化縣，部署未定，兵敗城破。

昭慈在孔子廟前自鴆殉國。

謚剛介。

《清史稿》入《忠義傳》。