丘士毅（？

—1631年），字遠程，號見南，江西南昌府豐城縣人。

萬歷二十五年（1597年）丁酉科江西鄉(xiāng)試舉人，三十二年（1604年）甲辰科進士，刑部觀政，考選庶吉士，三十五年授翰林院檢討，丁憂歸，四十年復除原職，知起居注，四十三年與給事中姚若水典試湖廣。

四十四年升左贊善兼翰林院簡討，四十五年充正使，與副使行人龔世法往河南福府冊封德昌王朱由崧，四十七年升左春坊左諭德兼翰林院侍講。

天啟三年（1623年）升右春坊右庶子兼翰林院侍讀，掌司經局印，五年推升禮部右侍郎，兼充實錄副總裁，六月教習庶吉士，八月充經筵講官。

六年回部管事。

崇禎即位，改南京禮部侍郎，三年禮科給事中阮震亨上疏彈劾其老病偷安，遂致仕歸，四年（1631年）三月卒，贈禮部尚書。